Struktur organisasi Balai Diklat Keagamaan (BDK) Makassar dirancang untuk mendukung pelaksanaan tugas dan fungsi kelembagaan secara efektif dalam penyelenggaraan pendidikan dan pelatihan di lingkungan kerja BDK Makassar. Dukungan dari jabatan fungsional juga menjadi bagian penting dalam memastikan pelaksanaan program pelatihan berjalan maksimal dan responsif terhadap perkembangan kebutuhan organisasi serta peserta pelatihan.